Την περίοδο αυτή τα ψηφιδωτά είναι πιο αξιόλογα και περισσότερα από τις τοιχογραφίες.
Οι βυζαντινοί καλλιτέχνες με αυτά διακοσμούσαν δάπεδα και τοίχους, γιατί έδιναν στα έργα τους τη μεγαλοπρέπεια και τη λαμπρότητα που ήθελαν.
Από τον 5ο αιώνα στην Κωνσταντινούπολη σώζονται λίγα δείγματα που αφορούν δάπεδα, όμως στη Θεσσαλονίκη βρίσκουμε σημαντικές ψηφιδωτές διακοσμήσεις σε πολλούς ναούς.

Την περίοδο αυτή έχουμε την εποχή της Εικονομαχίας που κράτησε από  το 726 ως το 846. Στη συνέχεια, δύο δυναστείες αυτοκρατόρων, των Μακεδόνων και των Κομνηνών, έδωσαν το χαρατήρα και το όνομα, στην τέχνη της εποχής τους.
Ο ναός της Γεννήσεως στη Βηθλεέμ διατηρεί από την  εποχή της εικονομαχίας ψηφιδωτές ανεικονικές παραστάσεις . Εκεί βρισκουμε τις συμβολικές εικόνες των Συνόδων χωρίς κανένα πρόσωπο.

Την περίοδο αυτή η τοιχογραφία αντικαθιστά το ψηφιδωτό, όχι μόνο για λόγους οικονομικούς, αλλά γιατί ανταποκρίνεται στις απαιτήσεις της νέας αισθητικής. 'Ομως και το ψηφιδωτό μας άφησε λίγα, αλλά λαμπρά δείγματα.
Στην Κωνσταντινούπολη έχουμε τα ψηφιδωτά της Μονής της Χώρας που αποτελούν το σπουδαιότερο σύνολο ψηφιδωτών της εποχής των Παλαιολόγων. Ανήκουν στο 1ο τέταρτο του 14ου αιώνα και εκτελέστηκαν με έξοδα του μαγάλου λογοθέτη Θεόδωρου Μετοχίτη, ενός από τους πιο καλλιεργημένους ανθρώπους της εποχής του, γι’αυτό και αντιπροσωπεύουν τους αριστοκρατικούς και λόγιους κύκλους της πρωτεύουσας.